Il Riccardi non si perde d’animo e pensa a ricostruire con sollecitudine il suo teatro. Tanto più che Bergamo, nel frattempo, è completamente priva di teatri e deve ricorrere a stagioni in baracconi provvisori.
Il rinnovato Teatro Riccardi viene ricostruito interamente in muratura e, sempre per opera dell’architetto Lucchini, risorge più imponente di prima, abbellito da pitture a chiaroscuro del Bonomini, pittore fra i più originali del periodo fra Sette e Ottocento (ma in occasione dei lavori di restauro del 1870 il suo apporto al teatro va perduto). 
Il Teatro Riccardi viene riaperto al pubblico il 30 giugno 1800 con uno spettacolo di prosa.
Nasce la Seconda Repubblica Cisalpina e le truppe francesi presidiano Bergamo. Al Teatro Riccardi si danno rappresentazioni di diverso tipo in onore dei nuovi dominatori.
Il periodo è contrassegnato dai guai giuridico-economici del Riccardi e poi dei suoi congiunti, ai quali passa la proprietà e l’amministrazione del Teatro.
Artisticamente, l’inizio del secolo vede l’affermazione al Riccardi di un illustre musicista bavarese, diventato bergamasco, Giovanni Simone Mayr; lo straordinario impulso da lui impresso alla vita musicale della città si esercita pure negli spettacoli d’opera al Riccardi fin dal 1801, anche se è solo dal 1802 che il musicista si installa definitivamente in città, intervenendo direttamente per diversi anni nell’allestimento delle sue opere. Nello stesso anno è nominato direttore della Cappella di Santa Maria Maggiore e nel 1805 fonda le Lezioni caritatevoli di musica, poi Istituto Musicale, nel cui ambito sarà il maestro e padre spirituale di Donizetti. Nel secondo decennio del secolo sarà il turno di Rossini: sono infatti le opere del musicista pesarese a dominare in tale periodo al Riccardi.